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hydroshoot/example/gdc_can3_grapevine/digit.input

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+1;1;15.a;1;2.5_1;1;70.52;80.57;161.58;0.242
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+1;2;6rl;0;0;0;29.3;-58.98;152.81;3.246
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+1;2;11.a;1;1;13;38.19;-132.14;180.72;0.541
+1;2;11.a;1;1;14;41.28;-135.1;177.16;0.523
+1;2;11.a;1;1;15;48.48;-138.03;176.37;0.463
+1;2;11.a;1;1;16;52.5;-141.83;172.82;0.465
+1;2;11.a;1;1;17;58.76;-144.6;174.14;0.356
+1;2;11.a;1;1.3_1;1;-22.08;-71.31;155.94;0.23
+1;2;11.a;1;1.4_1;1;-16.94;-76.46;158.11;0.385
+1;2;11.a;1;1.4_1;2;-16.43;-83.19;159.87;0.306
+1;2;11.a;1;1.4_1;3;-19.58;-86.18;162;0.274
+1;2;11.a;1;1.4_1;4;-20.77;-88.56;164.33;0.244
+1;2;11.a;1;1.4_1;5;-21.94;-91.96;168.24;0.204
+1;2;11.a;1;1.4_1;6;-20.65;-94.93;171.37;0.211
+1;2;11.a;1;1.4_1;7;-21.06;-95.12;166.03;0.139
+1;2;11.a;1;1.5_1;1;-18.3;-77.55;167.21;0.456
+1;2;11.a;1;1.5_1;2;-21.09;-76.41;171.45;0.39
+1;2;11.a;1;1.5_1;3;-24.34;-74.57;173.92;0.368
+1;2;11.a;1;1.5_1;4;-26.53;-73.61;176.64;0.391
+1;2;11.a;1;1.5_1;5;-29.39;-71.91;178.33;0.394
+1;2;11.a;1;1.5_1;6;-30.26;-70.83;184.11;0.366
+1;2;11.a;1;1.5_1;7;-33.13;-68.17;186.95;0.365
+1;2;11.a;1;1.5_1;8;-33.17;-66.83;191.12;0.329
+1;2;11.a;1;1.5_1;9;-35.98;-65.93;192.41;0.217
+1;2;11.a;1;1.6_1;1;-12.74;-86.47;170.46;0.307
+1;2;11.a;1;1.7_1;1;-6.82;-87.63;180.67;0.367
+1;2;11.a;1;1.7_1;2;-6.68;-86.61;182.98;0.266
+1;2;11.a;1;1.7_1;3;-7.1;-84.13;187.03;0.213
+1;2;11.a;1;1.7_1;4;-7.05;-82.53;188.18;0.195
+1;2;11.a;1;1.8_1;1;-0.94;-100.34;182.52;0.417
+1;2;11.a;1;1.8_1;2;-2.18;-101.75;186.03;0.367
+1;2;11.a;1;1.8_1;3;-3.88;-102.44;189.22;0.355
+1;2;11.a;1;1.8_1;4;-5.61;-102.11;192.53;0.292
+1;2;11.a;1;1.8_1;5;-8;-100.73;195.22;0.321
+1;2;11.a;1;1.9_1;1;5.69;-102.83;187.57;0.364
+1;2;11.a;1;1.9_1;2;5.65;-101.16;190.96;0.326
+1;2;11.a;1;1.9_1;3;4.79;-99.18;195.13;0.285
+1;2;11.a;1;1.11_1;1;21.82;-121.27;187.51;0.275
+1;2;11.a;1;1.13_1;1;37.54;-132.64;181.87;0.283
+1;2;11.a;1;1.13_1;2;37.33;-131;181.25;0.222
+1;2;11.a;1;1.13_1;3;34.62;-127.96;181.16;0.161
+1;2;11.a;1;1.14_1;1;39.67;-134.26;176.73;0.117
+1;2;11.a;1;1.15_1;1;46.51;-137.37;176.76;0.108

hydroshoot/example/gdc_can3_grapevine/params.json

@@ -0,0 +1,175 @@
+{
+  "simulation": {
+    "sdate": "2012-08-01 00:00:00",
+    "edate": "2012-08-04 23:00:00",
+    "latitude": 43.61,
+    "longitude": 3.87,
+    "elevation": 44.0,
+    "tzone": "Europe/Paris",
+    "output_index": "",
+    "unit_scene_length": "cm",
+    "hydraulic_structure": true,
+    "negligible_shoot_resistance": false,
+    "energy_budget": true
+  },
+  "planting": {
+    "spacing_between_rows": 3.6,
+    "spacing_on_row": 1,
+    "row_angle_with_south": 140.0
+  },
+  "phenology": {
+    "emdate": "2012-04-01 00:00:00",
+    "t_base": 10.0
+  },
+  "mtg_api": {
+    "collar_label": "inT",
+    "leaf_lbl_prefix": "L",
+    "stem_lbl_prefix": [
+      "in",
+      "Pet",
+      "cx"
+    ]
+  },
+  "numerical_resolution": {
+    "max_iter": 100,
+    "psi_step": 1.0,
+    "psi_error_threshold": 0.05,
+    "t_step": 1.0,
+    "t_error_threshold": 0.02
+  },
+  "irradiance": {
+    "E_type": "Rg_Watt/m2",
+    "E_type2": "Eabs",
+    "opt_prop": {
+      "SW": {
+        "leaf": [
+          0.06,
+          0.07
+        ],
+        "stem": [
+          0.13
+        ],
+        "other": [
+          0.06,
+          0.07
+        ]
+      },
+      "LW": {
+        "leaf": [
+          0.04,
+          0.07
+        ],
+        "stem": [
+          0.13
+        ],
+        "other": [
+          0.06,
+          0.07
+        ]
+      }
+    },
+    "turtle_format": "soc",
+    "turtle_sectors": "46",
+    "icosphere_level": null
+  },
+  "energy": {
+    "solo": true,
+    "t_cloud": 2.0,
+    "t_sky": -20.0
+  },
+  "hydraulic": {
+    "psi_min": -3.0,
+    "Kx_dict": {
+      "a": 1.6,
+      "b": 2.0,
+      "min_kmax": 0.000111
+    },
+    "par_K_vul": {
+      "model": "misson",
+      "fifty_cent": -0.76,
+      "sig_slope": 1.0
+    }
+  },
+  "exchange": {
+    "rbt": 0.6667,
+    "Na_dict": {
+      "aN": -0.0008,
+      "bN": 3.3,
+      "aM": 6.471,
+      "bM": 56.635
+    },
+    "par_gs": {
+      "model": "misson",
+      "g0": 0.0,
+      "m0": 7.3,
+      "psi0": -0.65,
+      "D0": 1.0,
+      "n": 4.0
+    },
+    "par_photo": {
+      "alpha": 0.24,
+      "Kc25": 404.9,
+      "Ko25": 278.4,
+      "Tx25": 42.75,
+      "ds": 0.635,
+      "dHd": 200.0,
+      "RespT_Kc": {
+        "c": 38.05,
+        "deltaHa": 79.43
+      },
+      "RespT_Ko": {
+        "c": 20.30,
+        "deltaHa": 36.38
+      },
+      "RespT_Vcm": {
+        "c": 26.35,
+        "deltaHa": 65.33
+      },
+      "RespT_Jm": {
+        "c": 17.57,
+        "deltaHa": 43.54
+      },
+      "RespT_TPU": {
+        "c": 21.46,
+        "deltaHa": 53.1
+      },
+      "RespT_Rd": {
+        "c": 18.72,
+        "deltaHa": 46.39
+      },
+      "RespT_Tx": {
+        "c": 19.02,
+        "deltaHa": 37.83
+      }
+    },
+    "par_photo_N": {
+      "Vcm25_N": [
+        34.02,
+        -3.13
+      ],
+      "Jm25_N": [
+        78.27,
+        -17.3
+      ],
+      "Rd_N": [
+        0.42,
+        -0.01
+      ],
+      "TPU25_N": [
+        6.24,
+        -1.92
+      ]
+    }
+  },
+  "soil": {
+    "soil_class": "Sandy_Loam",
+    "soil_dimensions": {
+      "width": 3.6,
+      "length": 1.0,
+      "depth": 1.2
+    },
+    "rhyzo_coeff": 0.75
+  }
+}
+
+

hydroshoot/example/gdc_can3_grapevine/psi_soil.input

@@ -0,0 +1,7 @@
+time;psi
+2012-07-20;-0.30
+2012-07-27;-0.12
+2012-08-01;-0.19
+2012-08-02;-0.50
+2012-08-03;-0.81
+2012-08-09;-0.19

hydroshoot/example/gdc_can3_grapevine/sim.py

@@ -0,0 +1,43 @@
+from pathlib import Path
+
+from openalea.mtg import traversal
+from openalea.plantgl.all import Scene
+
+from hydroshoot import architecture, display, model
+
+if __name__ == '__main__':
+    path_project = Path(__file__).parent
+
+    # =============================================================================
+    # Construct the plant mock-up
+    # =============================================================================
+
+    g = architecture.vine_mtg(path_project / 'digit.input')
+
+    for v in traversal.iter_mtg2(g, g.root):
+        architecture.vine_phyto_modular(g, v)
+        architecture.vine_petiole(g, v, pet_ins=90., pet_ins_cv=0.,
+                                  phyllo_angle=180.)
+        architecture.vine_leaf(g, v, leaf_inc=-45., leaf_inc_cv=100.,
+                               lim_max=12.5, lim_min=5., order_lim_max=2.25,
+                               max_order=55, rand_rot_angle=90.,
+                               cordon_vector=None)
+        architecture.vine_mtg_properties(g, v)
+        architecture.vine_mtg_geometry(g, v)
+        architecture.vine_transform(g, v)
+
+    scene = display.visu(g, def_elmnt_color_dict=True, scene=Scene(), view_result=True)
+
+    # =============================================================================
+    # Run HydroShoot
+    # =============================================================================
+
+    # =============================================================================
+    # Run HydroShoot
+    # =============================================================================
+
+    model.run(
+        g=g,
+        wd=path_project,
+        path_weather=path_project / 'meteo.input',
+        scene=scene)

hydroshoot/example/gdc_can3_grapevine/var.obs

@@ -0,0 +1,13 @@
+date;psi_pd;psi_stem;psi_leaf;gs
+2012-07-20 00:00;-0.35;-1.15;-1.42;48
+2012-07-20 00:00;-0.24;-1.30;-1.51;22.4
+2012-07-27 00:00;-0.13;-1.41;-1.54;25.6
+2012-07-27 00:00;-0.12;-1.51;-1.51;39
+2012-08-01 00:00;-0.20;-1.23;-1.42;90
+2012-08-01 00:00;-0.21;-1.22;-1.51;97
+2012-08-02 00:00;-0.49;-1.50;-1.52;40
+2012-08-02 00:00;-0.50;-1.50;-1.54;28.4
+2012-08-03 00:00;-0.81;-1.13;-1.27;7.3
+2012-08-03 00:00;-0.81;-1.58;-1.34;4.4
+2012-08-09 00:00;-0.19;-1.18;-1.69;37.5
+2012-08-09 00:00;-0.19;-1.37