Commit last-minute

hydroshoot/example/modularity/ww/sim_2/digit.input

@@ -0,0 +1,163 @@
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+8;2;2.a;1;1;10;11.92;7.53;119.88
+8;2;2.a;1;1;11;17.75;7.5;129.67
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+8;2;2.a;1;2;9;5.08;5.72;103.16
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+8;2;2.a;1;2;13;33.66;20.31;128.17
+8;2;2.b;0;0;0;-11;4.2;53
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+8;2;2.b;1;1;3;-20.84;4.78;66.59
+8;2;2.b;1;1;4;-22.8;5.33;76.34
+8;2;2.b;1;1;5;-24.51;2.17;88.02
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+8;2;3.a;1;1M;6;-26.05;4.82;106.56
+8;2;3.a;1;1M;7;-32.94;5.75;118.25
+8;2;3.a;1;1M;8;-39.95;8.39;126.33
+8;2;3.a;1;2M;0;-11.66;-2.19;51.82
+8;2;3.a;1;2M;1;-12.67;-2.36;51.32
+8;2;3.a;1;2M;2;-17.15;-4.37;54.34
+8;2;3.a;1;2M;3;-23.34;-5.71;60.41
+8;2;3.a;1;2M;4;-26.53;-4.29;70.49
+8;2;3.a;1;2M;5;-28.16;-3.28;80.44
+8;2;3.a;1;2M;6;-26.14;2.79;92.16
+8;2;3.a;1;2M;7;-26.05;3.81;105.94
+8;2;3.a;1;2M;8;-28.22;2.27;117.94
+8;2;3.a;1;2M;9;-27.55;-0.76;126.93
+8;2;3.a;1;2M;10;-24.66;-4.67;138.72
+8;2;3.a;1;3;0;-12.69;-1.02;52.08
+8;2;3.a;1;3;1;-14.2;-0.78;52.25
+8;2;3.a;1;3;2;-20.72;-2.23;53.55
+8;2;3.a;1;3;3;-27.49;-2.94;56.65
+8;2;3.a;1;3;4;-36.07;-4.89;61.05
+8;2;3.a;1;3;5;-41.12;-5.23;69.88
+8;2;3.a;1;3;6;-42.22;-8.11;82.63
+8;2;3.a;1;3;7;-37.93;-7.57;96.29
+8;2;3.a;1;3;8;-33;-7.67;108.67
+8;2;3.a;1;3;9;-24.07;-4.13;119.04
+8;2;3.a;1;3;10;-20.9;-2.33;128.29
+8;2;3.a;1;3;11;-18.5;0.01;136.76

hydroshoot/example/modularity/ww/sim_2/params.json

@@ -0,0 +1,175 @@
+{
+  "simulation": {
+    "sdate": "2009-07-29 00:00:00",
+    "edate": "2009-08-01 23:00:00",
+    "latitude": 43.61,
+    "longitude": 3.87,
+    "elevation": 44.0,
+    "tzone": "Europe/Paris",
+    "output_index": "",
+    "unit_scene_length": "cm",
+    "hydraulic_structure": true,
+    "negligible_shoot_resistance": true,
+    "energy_budget": true
+  },
+  "planting": {
+    "spacing_between_rows": 3.6,
+    "spacing_on_row": 1,
+    "row_angle_with_south": 140.0
+  },
+  "phenology": {
+    "emdate": "2009-04-01 00:00:00",
+    "t_base": 10.0
+  },
+  "mtg_api": {
+    "collar_label": "inT",
+    "leaf_lbl_prefix": "L",
+    "stem_lbl_prefix": [
+      "in",
+      "Pet",
+      "cx"
+    ]
+  },
+  "numerical_resolution": {
+    "max_iter": 100,
+    "psi_step": 1.0,
+    "psi_error_threshold": 0.05,
+    "t_step": 1.0,
+    "t_error_threshold": 0.02
+  },
+  "irradiance": {
+    "E_type": "Rg_Watt/m2",
+    "E_type2": "Eabs",
+    "opt_prop": {
+      "SW": {
+        "leaf": [
+          0.06,
+          0.07
+        ],
+        "stem": [
+          0.13
+        ],
+        "other": [
+          0.06,
+          0.07
+        ]
+      },
+      "LW": {
+        "leaf": [
+          0.04,
+          0.07
+        ],
+        "stem": [
+          0.13
+        ],
+        "other": [
+          0.06,
+          0.07
+        ]
+      }
+    },
+    "turtle_format": "soc",
+    "turtle_sectors": "46",
+    "icosphere_level": null
+  },
+  "energy": {
+    "solo": true,
+    "t_cloud": 2.0,
+    "t_sky": -20.0
+  },
+  "hydraulic": {
+    "psi_min": -3.0,
+    "Kx_dict": {
+      "a": 1.6,
+      "b": 2.0,
+      "min_kmax": 0.000111
+    },
+    "par_K_vul": {
+      "model": "misson",
+      "fifty_cent": -0.76,
+      "sig_slope": 1.0
+    }
+  },
+  "exchange": {
+    "rbt": 0.6667,
+    "Na_dict": {
+      "aN": -0.0008,
+      "bN": 3.3,
+      "aM": 6.471,
+      "bM": 56.635
+    },
+    "par_gs": {
+      "model": "misson",
+      "g0": 0.02,
+      "m0": 7.3,
+      "psi0": -0.65,
+      "D0": 1.0,
+      "n": 4.0
+    },
+    "par_photo": {
+      "alpha": 0.24,
+      "Kc25": 404.9,
+      "Ko25": 278.4,
+      "Tx25": 42.75,
+      "ds": 0.635,
+      "dHd": 200.0,
+      "RespT_Kc": {
+        "c": 38.05,
+        "deltaHa": 79.43
+      },
+      "RespT_Ko": {
+        "c": 20.30,
+        "deltaHa": 36.38
+      },
+      "RespT_Vcm": {
+        "c": 26.35,
+        "deltaHa": 65.33
+      },
+      "RespT_Jm": {
+        "c": 17.57,
+        "deltaHa": 43.54
+      },
+      "RespT_TPU": {
+        "c": 21.46,
+        "deltaHa": 53.1
+      },
+      "RespT_Rd": {
+        "c": 18.72,
+        "deltaHa": 46.39
+      },
+      "RespT_Tx": {
+        "c": 19.02,
+        "deltaHa": 37.83
+      }
+    },
+    "par_photo_N": {
+      "Vcm25_N": [
+        34.02,
+        -3.13
+      ],
+      "Jm25_N": [
+        78.27,
+        -17.3
+      ],
+      "Rd_N": [
+        0.42,
+        -0.01
+      ],
+      "TPU25_N": [
+        6.24,
+        -1.92
+      ]
+    }
+  },
+  "soil": {
+    "soil_class": "Sandy_Loam",
+    "soil_dimensions": {
+      "width": 3.6,
+      "length": 1.0,
+      "depth": 1.2
+    },
+    "rhyzo_coeff": 0.25
+  }
+}
+
+

hydroshoot/example/modularity/ww/sim_2/psi_soil.input

@@ -0,0 +1,14 @@
+time;psi
+2009-07-27;-0.18
+2009-07-28;-0.22
+2009-07-29;-0.13
+2009-07-30;-0.15
+2009-07-31;-0.15
+2009-08-01;-0.08
+2009-08-03;-0.16
+2009-08-05;-0.13
+2009-08-06;-0.11
+2009-08-07;-0.09
+2009-08-09;-0.09
+2009-08-10;-0.15
+2009-08-14;-0.27

hydroshoot/example/modularity/ww/sim_2/sim.py

@@ -0,0 +1,43 @@
+from pathlib import Path
+
+from openalea.mtg import traversal
+from openalea.plantgl.all import Scene
+
+from hydroshoot import architecture, display, model
+
+if __name__ == '__main__':
+    path_project = Path(__file__).parent
+
+    # =============================================================================
+    # Construct the plant mock-up
+    # =============================================================================
+
+    g = architecture.vine_mtg(path_project / 'digit.input')
+
+    # Local Coordinates Correction
+    for v in traversal.iter_mtg2(g, g.root):
+        architecture.vine_phyto_modular(g, v)
+        architecture.vine_axeII(g, v, pruning_type='avg_field_model', N_max=6,
+                                insert_angle=90, N_max_order=6)
+        architecture.vine_petiole(g, v, pet_ins=90., pet_ins_cv=0.,
+                                  phyllo_angle=180.)
+        architecture.vine_leaf(g, v, leaf_inc=-45., leaf_inc_cv=100.,
+                               lim_max=12.5, lim_min=5., order_lim_max=5.5,
+                               max_order=55, rand_rot_angle=90.,
+                               cordon_vector=None)
+        architecture.vine_mtg_properties(g, v)
+        architecture.vine_mtg_geometry(g, v)
+        architecture.vine_transform(g, v)
+
+    scene = display.visu(g, def_elmnt_color_dict=True, scene=Scene(),
+                         view_result=True)
+
+    # =============================================================================
+    # Run HydroShoot
+    # =============================================================================
+
+    model.run(
+        g=g,
+        wd=path_project,
+        path_weather=path_project / 'meteo.input',
+        scene=scene)